Ce cours apparaît dans les formations suivantes :
• Faculté de Gestion, Economie & Sciences - Masters - Master 1 Ecologie Opérationnelle - S2 - 1 ECTS

Pré requis

M1 accessible aux étudiants diplômés d’une Licence 3 : Licences de biologie…

Pour suivre ce cours, l’étudiant doit avoir des connaissances en :

- Biochimie structurale et fonctionnelle des acides nucléiques et des protéines : structures primaire, secondaire, tertiaire voire quaternaire (pour les protéines).
- Génétique et Biologie moléculaire : la transcription, la traduction, les Opérons, la technique de PCR.
- Connaissance du Web

Objectifs du cours

Le cours a pour objectif de sensibiliser les étudiants du Master aux nouvelles technologies de l’ADN utilisées lors d’analyses environnementales : définition de l’ADNe, présentation des techniques d’analyses moléculaires employées, buts, intérêts au regard des analyses traditionnelles de terrain, protocoles d’échantillonnage, initiation aux méthodes d’analyse bio-informatique (extraction d’informations utiles d’une séquence d’un génome).

Contenu du cours

Julien Luttun : utilisation de l'ADN environnemental en bureau d'études (quand choisir cette technique et pourquoi, critères de choix entre les techniques disponibles, comparaison du co-inventaire classique vs ADN environnemental.

Valérie Conseil : les biotechnologies de l'ADN en écologie :

- Les domaines d'application de l'analyse de l'ADN.
- Les techniques de collecte, d'extraction et d'analyse de l'ADN : PCR, qPCR, barecoding, metabarcoding, NGST.
- Analyse d'article scientifiques.

Anne Dumoulin : initiation à la bioinformatique

-­ La bio-informatique, c'est quoi ?
- Notions de banques de données.
- Initiation à l'analyse de séquences : alignements de séquences par paire ou multiples (Identité, e-value) ; Systèmes d'interrogation dédiés (BLAST, CLUSTAL)
-­ phylogénie moléculaire : notions de similitude/d'homologie , de Neighbor-joining et de Bootstrap ; Utilisation de Phylogeny.fr.

- Initiation au design d'amorces: méthodologie (approche manuelle) et logiciels associés (Primer3 ; Pick Primers NCBI)

Modalités d'enseignement

Organisation du cours

Julien Luttun: 3h de cours en présentiel, sur l’utilisation de ces techniques au bureau d’études Rainette.

Valérie Conseil : 8h d’enseignement en présentiel, cours magistral / TD
- 2h de cours magistral : présentation des technologies d’analyse de l’ADNe
- 6h d’enseignements dirigés, travaux de groupes : accompagnement à l’analyse d’articles scientifiques (en français ou en anglais).

Anne Dumoulin : 2h d’enseignement en présentiel, TP /TD

Méthodes pédagogiques

Évaluation

Contrôle continu : coeff. 1

Bibliographie

• - Bioinformatique : Cours et cas pratique / Gilbert Deléage, Manolo Gouy / Collection: Sciences Sup, Dunod, - Bio-informatique : Principes d'utilisation des outils / Denis Tagu, Jean-Loup Risler / savoir-Faire, Ed. Quae, - Bioinformatique : Génomique et post-génomique / Frédéric Dardel & François Kèpès / Les éditions de l'école polytechnique, - Travaux dirigés de biochimie, biologie moléculaire et bioinformatique / G. Coutouly, E. Klein, E. Barbieri, M. Kriat / Biosciences et techniques 4e éditions / Ed. Doin / 22p, , ,

Ressources internet

• Nom Commentaires Adresse Internet
  Portails
  NCBI (National Center for Biotechnology Information) Portail américain de bio-informatique (Blast, Genbank…) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
  
  EBI (European Bioinformatics Institute) Portail européen de bio-informatique (FASTA, ClustalW…) https://www.ebi.ac.uk/
  
  KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) Portail japonais de bio-informatique http://www.genome.jp/kegg/
  
  EXPASY (EXpert Protein Analysis SYstem) Portail de l’Institut suisse de bio-informatique https://www.expasy.org/
  
  Acides nucléiques
  Genbank Banques de séquences nucléotidiques dotées d’un système d’interrogation. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
  
  Protéines
  Swiss-prot Séquences annotées de protéines http://www.uniprot.org/uniprot/?query=reviewed:yes
  
  Uniprot Ressource de séquences protéiques et d'informations fonctionnelles. http://www.uniprot.org/