Les spécialisations démarrent en 4ème année avec une pédagogie au choix : un projet par semestre, des cours en spécialisation, la possibilité de réaliser un séjour universitaire à l'étranger, la possibilité d'entreprendre une expérience professionnelle en été.

L’étudiant peut, s'il le désire, rester « généraliste » en puisant largement dans la palette des nombreux enseignements dispensés ou se « spécialiser » en choisissant un parcours dirigé montrant clairement l’orientation vers l’un des secteurs de l’école.
37 unités d’enseignement sont ainsi proposées et réparties dans les 4 domaines de spécialisation de la formation ISA : Agriculture, Filière et territoire ; Management des Technologies des Industries Agro-Alimentaires ; Agro-business ; Environnement et Aménagement ou paysage.

Les étudiants ont la possibilité de réaliser un semestre dans une université partenaire dans le cadre des échanges européens ou internationaux.